Tutorial Aplikasi GDIS

Tutorial Aplikasi GDIS

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru

Pada kolom model pilih model : editing

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda.

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikonmeasurements.

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka padalabel list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation 

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  

Tutorial Aplikasi Easychem

Tutorial Aplikasi Easychem

Easychem chemical structure editor adalah aplikasi untuk menggambar struktur 2D ikatan kimia. Instalasi bisa langsung lewat Ubuntu Software Center. Aplikasi ini sangat mudah digunakan, disediakan fungsi Help untuk format penulisan senyawa-senyawa kimia dari yang sederhana hingga yang kompleks. Dari ikatan tunggal, ikatan rangkap, hingga ikatan siklo bisa digambar dengan mudah menggunakan aplikasi ini.

Bagi para ilmuwan, atau pekerja laboratorium, mahasiswa, pelajar, ataupun pengajar sains saya sarankan menggunakan aplikasi ini. Bisa diekspor dalam format PDF, sehingga bisa disalin di dokumen yang lain.

Tutorial Aplikasi Chemdraw

Tutorial Aplikasi Chemdraw

 

Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. ChemDraw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa,. membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

Setelah berhasil melakukan installasi ChemDraw 11 maka pada PC akan terlihat program baru yang bernama ChemBioOffice 2008 yang di dalamnya terdapat ChemDraw Ultra 11.0. Klik ChemDraw Ultra 11 maka akan tampil gambar sebagai berikut:

Misalnya ingin mengetahui nama struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃
Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1.      Buat struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ pada lembar ChemDraw

2.      Pilih structure pada bagian toolbar

3.      Pilih structure convert to name

4.      Setelah itu nama dari senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ akan muncul seperti gambar dibawah ini.

Sebaliknya ChemDraw juga dapat menggambarkan struktur suatu senyawa dari nama senyawa tersebut. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1.      Tulis nama suatu senyawa pada lembar ChemDraw

2.      Pilih structure pada bagian toolbar

3.      Pilih name convert to structure sesuai (IUPAC)

Selesai

TUTORIAL APLIKASI NWCHEM

TUTORIAL APLIKASI NWCHEM

NWChem adalah software kimia komputasi untuk perhitungan ab initio baik dengan metode mekanika kuantum atau dinamika molekuler. Software ini dapat dijalankan pada mesin komputer konvensional atau high-performance dan dapat diinstall secara paralel. Software ini dikembangkan oleh Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL), salah satu laboratoium di Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

NWChem bertujuan untuk menyediakan para penggunanya dengan alat kimia komputasi yang terukur baik dalam kemampuan mereka untuk mengobati masalah kimia komputasi ilmiah besar secara efisien, dan dalam penggunaan sumber daya komputasi paralel yang tersedia dari kinerja tinggi super komputer paralel cluster workstation konvensional.

Software NWChem dapat menangani :

• Biomolekul, struktur nano, dan solid-state dari kuantum klasik, dan semua kombinasi
• Gaussian fungsi dasar atau pesawat-gelombang
• Scaling dari satu sampai ribuan prosesor
• Properties dan efek relativistik

NWChem secara aktif dikembangkan oleh konsorsium pengembang dan dipelihara oleh EMSL terletak di Pacific Northwest National Laboratory (PNNL)di Washington State. Peneliti tertarik untuk berkontribusi ke NWChem harus meninjau halaman Pengembang. Kode ini didistribusikan secara open-source di bawah syarat-syarat Komunitas Pendidikan License versi 2.0 (ECL 2.0).

Strategi pengembangan NWChem difokuskan pada penyediaan kemampuanilmiah baru dan penting untuk para penggunanya di bidang kinetika dandinamika transformasi kimia, kimia di antarmuka dan dalam fase terkondensasi,dan memungkinkan penelitian yang inovatif dan terintegrasi di EMSL. Pada saat yang sama pengembangan lanjutan diperlukan untuk memungkinkan NWChemuntuk secara efektif memanfaatkan arsitektur puluhan petaflops dan seterusnya.

Contoh Penggunaan VBA dalam Power Point

SILAHKAN DOWNLOAD CONTOH PPT-NYA DISINI

Soal Latihan 1

Soal Latihan

Penyetaraan Persamaan Reaksi Redoks, Sel Elektrokimia dan Potensial Sel.

I.       Pilihlah jawaban yang benar!

1.      Sel volta adalah sel elektrokimia yang menghasilkan arus listrik. Sel volta dibagi menjadi tiga bagian, yaitu sel volta primer, sel sekunder dan sel bahan bakar. Dibawah ini yang merupakan contoh sel volta primer adalah…(C1)

A.    Aki timbal

B.     Baterai merkuri

C.     Baterai Nikel Kadmium

D.    Sel perak seng

E.     Sel natrium belerang

2.      Dalam suatu sel volta terjadi reaksi sebagai berikut:

Fe + 2Ag⁺       →        Fe²⁺ + 2Ag

Jika diketahui E^o Fe²⁺ / Fe = –0,440 V dan E^o Ag⁺ / Ag = +0,779 V, maka harga potensial sel reaksi tersebut adalah … (C2)

A.    –0,339 volt

B.     +1,118 volt

C.     +1,219 volt

D.    +0,339 volt

E.     –1,219 volt

3.      Tembaga bereaksi dengan asam sulfat pekat menghasilkan tembaga(II)sulfat,air dan belerang dioksida. Sesuai dengan reaksi sebagai berikut:

Agar reaksi tersebut setara maka nilai a, b, c, d dan e adalah …(C2)

A.    1, 1, 2, 2, 1

B.     1, 2, 1, 2, 1

C.     1, 2, 2, 1, 1

D.    1, 1, 2, 1, 2

E.     1, 2, 1, 1, 2

4.      Diketahui data potensial elektoda standart:

Au³⁺ + 3e → Au                     E^o = +1,42 V

Cl₂ + 2e → 2Cl^-                       E^o = +1,36 V

Na⁺ + e → Na                         E^o = –2,71 V

Sn²⁺ + 2e → Sn                       E^o = –0,14 V

Notasi sel berikut yang tidak berlangsung spontan adalah … (C3)

A.   Na / Na⁺ // Au³⁺ / Au

B.    Na / Na⁺ // Sn²⁺ / Sn

C.    Cl^- / Cl₂ // Sn²⁺ / Sn

D.   Cl^- / Cl₂ // Au³⁺ / Au

E.    Sn / Sn²⁺ // Au³⁺ / Au

5.      Pada reaksi berikut:

aFe + bH₂SO₄ + → cFe₂(SO₄)₃ + dH₂O + eSO₂

Setelah reaksi tersebut disetarakan maka harga a, b, c, d, e berturut-turut adalah…(C2)

A.    2, 3, 6, 1, 6

B.     2, 1, 6, 3, 6

C.     2, 6, 1, 3, 6

D.    2, 6, 3, 6, 1

E.     2, 6, 1, 6, 3

6.      Logam yang dapat direduksi oleh logam Zn,  adalah …(C1)

A.    K

B.     Ba

C.     Ca

D.    Na

E.     Fe

7.      Reaksi redoks berikut yang sudah mengalami penyetaraan adalah…(C4)

A.    I_2(s) + S₂O_3(aq) → 2I^-_(aq) + SO₄^2-_(aq)

B.     Al₂O_3(s) + C_(s) → Al_(s) + CO_2(g)

C.     AgOH_(s) + H⁺_(aq) → Ag²⁺_(aq) + H₂O_(l)

D.    ClO^-_{(aq )} + Cl^- _(aq) + H⁺_(aq) → H₂O_(l) + Cl_2(g)

E.     MnO_2(s) + 4H⁺_(aq) + 2Cl^-_(aq) → Mn2⁺_(aq) + 2H₂0_(l) + Cl_2(g)

8.      Diketahui harga E^o  sel sebagai berikut:

Fe²⁺ + 2e → Fe                       E^o = –0,440 V

Cu²⁺ + 2e → Cu                      E^o = +0,337 V

Zn²⁺ + 2e → Zn                      E^o = ­–0,763 V

Mg²⁺ + 2e → Mg                    E^o = –2,363 V

Sel kimia yang menghasilkan E^o sel paling kecil adalah … (C3)

A.    Fe / Fe²⁺  //  Cu²⁺ / Cu

B.     Mg / Mg²⁺  //  Fe²⁺ / Fe

C.     Zn / Zn²⁺  //  Fe²⁺ / Fe

D.    Mg / Mg²⁺  //  Zn²⁺ / Zn

E.     Zn / Zn²⁺  //  Cu²⁺ / Cu

9.      Bahan yang digunakan sebagai elektroda pada sel aki (Accu) adalah…(C1)

A.    Cd dan NiO

B.     Pb dan PbO2

C.     Zn dan Ag

D.    Na dan S

E.     Zn dan HgO

10.  Pernyataan berikut yang benar adalah kecuali…(C1)

A.    Semakin ke kiri letak logam dalam deret Volta harga E^o  sel semakin kecil.

B.     Semakin ke kanan letak logam dalam deret Volta sifat  reduktor semakin lemah.

C.     Semakin ke kanan letak logam dalam deret Volta maka semakin mudah mengalami reaksi reduksi.

D.    Semakin ke kiri letak logam dalam deret Volta harga E^o   sel semakin besar.

E.     Logam dalam deret Volta mampu mereduksi ion-ion di kanannya, tetapi tidak mampu mereduksi ion-ion di kirinya.

11.  Pada reaksi dibawah ini

Agar didapatkan reaksi yang setara makan nilai dari koefisien  secara berturut-turut adalah …(C2)

a.       4, 11, 10, 2, 4, 16, 5

b.      4, 10, 11, 2, 4, 16, 5

c.       4, 2, 4, 10, 11,16, 5

d.      4, 4, 2, 11, 10, 16, 5

e.       4, 4, 2, 10, 11, 16,5

12.  Perhatikan tabel dibawah ini.

No	Pembanding	Sel Volta / Sel Galvani	Sel Elektrolisis
1	Perubahan energi	Energi kimia→ energi listrik	Energi listrik → energi kimia
2	Katoda	Positif	Positif
3	Anoda	Negatif	Negatif
4	Reaksi pada anoda	Reduksi	Oksidasi
5	Reaksi pada katoda	Oksidasi	Reduksi

            Dari tabel diatas, pernyataan yang benar ditunjukkan oleh nomor …(C2)

A.    1, 2 dan 3

B.     1, 4 dan 5

C.     2, 3 dan 4

D.    2, 4 dan 5

E.     Semua benar